189 papers
Deze studie introduceert HLA-Resolve, een kosteneffectieve workflow voor long-read hybrid capture en een bijbehorend typeeringsprogramma die hoge-resolutie HLA-haplotypering mogelijk maakt voor klinische toepassing en ziekteonderzoek, terwijl de beperkingen van short-read sequencing en traditionele long-read methoden worden overwonnen.
Deze studie toont aan dat genetische factoren die de metabolisme van vertakte aminozuren (BCAA) beïnvloeden, onafhankelijk van traditionele risicofactoren zoals obesitas en dyslipidemie, een causale rol spelen bij het ontstaan van type 2-diabetes en coronaire arteriële ziekte.
In een Japanse cohortstudie bleek dat een op Japanse data gebaseerd polygenetisch risicoscore voor de ziekte van Alzheimer sterker geassocieerd is met cognitieve achteruitgang gemeten via de MMSE dan scores gebaseerd op Europese data, wat het belang van populatie-specifieke risicoscores onderstreept.
Onderzoek bij oudere volwassenen toont aan dat de genetische activiteit van het SLC6A4-gen de kwetsbaarheid voor cognitieve achteruitgang en depressieve symptomen in de latere levensfase beïnvloedt, waarbij lage activiteit leidt tot een verhoogd risico en hoge activiteit tot bescherming via epigenetische mechanismen en hippocampusvolume.
Dit artikel introduceert 'faers', een open-source R-pakket dat een gestandaardiseerd, schaalbaar en reproduceerbaar kader biedt voor het verwerken van FAERS-gegevens en het uitvoeren van geavanceerde signalering van bijwerkingen, waardoor de farmacovigilantie nauwkeuriger en toegankelijker wordt.
Dit artikel introduceert Bone2Gene, een next-generation phenotyping-tool die diep leermodel gebruikt om zeldzame botziektes te detecteren en te differentiëren op basis van handröntgenfoto's, met een nauwkeurigheid die varieert van 85,5% voor algemene detectie tot meer dan 95% voor ziektes met een sterk onderscheidend fenotype.
Deze systematische review en meta-analyse concludeert dat hoewel LLM-systemen met kennisverrijking betere prestaties laten zien bij het diagnosticeren van zeldzame ziekten, de huidige bewijslast beperkt is door hoge risico's op bias, gebrek aan prospectieve validatie en grote variatie in prestaties afhankelijk van de samenstelling van de evaluatiebenchmark.
De auteurs introduceren StratGWAS, een schaalbaar raamwerk dat fenotypische heterogeniteit benut om de statistische power van GWAS te verhogen en meer genetische loci te identificeren, terwijl de specificiteit behouden blijft.
Deze studie identificeert een nieuwe therapeutische strategie die door het gebruik van algemene genetische variatie in plaats van specifieke mutaties, het mogelijk maakt om via allel-specifiek silencing meer dan 500 genen met dominante en overbodige ziekte-allel te behandelen, waardoor het aantal behandelbare patiënten aanzienlijk toeneemt.
Deze studie ontrafelt de gedeelde en differentiële genetische architectuur tussen COVID-19 en andere respiratoire aandoeningen door middel van een geavanceerde multi-omics analyse, waardoor specifieke moleculaire mechanismen en nieuwe therapeutische doelwitten voor COVID-19 worden geïdentificeerd.
Dit artikel introduceert het UPNAT-framework, een schaalbaar en eerlijk model voor de prioritering van patiënten en doelen bij antisense-therapieën voor zeldzame ziekten, dat is ontwikkeld om transparante en reproduceerbare besluitvorming binnen de Britse gezondheidszorg te faciliteren.
Deze studie toont aan dat de WHO-histologische subtypen van longadenocarcinoom unieke immuuncelprofielen vertonen die losstaan van mutatieprofielen, maar wel sterk correleren met overleving en potentiële respons op immunotherapie.
In deze studie werd met behulp van een schaalbaar framework voor 490.549 volledige genoomsequenties een uitgebreide kaart opgesteld van zeldzame coderende en niet-coderende varianten die geassocieerd zijn met 1.342 ziekten en biomarkers, waarbij veel nieuwe inzichten werden verkregen die eerder niet waren gedetecteerd.
Deze studie bevestigt dat een genotypagebaseerde ernstscore, gebaseerd op het type en de locatie van WFS1-varianten, een waardevol hulpmiddel is om de ernst en het begin van symptomen bij Wolfram-syndroom te voorspellen, hoewel verdere verfijning nodig is voor niet-diabetische klachten.
Dit onderzoek toont aan dat een positieve correlatie tussen zeldzame pathogene copy-number varianten en polygenische scores, die de variabele ernst van ziekten verklaart, het gevolg is van assortatieve paring en niet van selectieve deelnamebias.
Deze studie presenteert een uitgebreide resource van het methyloom bij ovariumkanker, afgeleid van 404 whole-genome bisulfiet-gesequencede monsters, die aantoont dat epigenetische patronen vroeg worden vastgelegd en stabiel blijven tijdens chemotherapie, terwijl specifieke hypermethylatie in ascitescellen geassocieerd is met een slechte respons op behandeling en potentieel kan worden gedetecteerd via vloeibare biopsie.
Dit artikel beschrijft de implementatie van een volledig autonoom whole-exome sequencing-proces in Algerije voor patiënten met neurodevelopmentale stoornissen, waarbij een diagnostische opbrengst van 57% werd bereikt maar ook de blijvende uitdagingen werden belicht, zoals de interpretatie van varianten door de ondervertegenwoordiging van Afrikaanse populaties in genodatabases.
Deze studie onthult dat de relatie tussen de ziekte van Alzheimer en diabetes type 2 niet het gevolg is van een eenvoudig gedeeld risicomodel, maar van locus-specifieke heterogeniteit en antagonistische pleiotropie waarbij genetische en epigenetische signalen vaak tegengestelde effecten op de twee aandoeningen hebben.
Dit artikel introduceert CanVar-UK, een gratis online platform dat klinici ondersteunt bij de interpretatie van kiembaanvarianten in kanker-susceptibiliteitsgenen door uitgebreide data uit diverse bronnen te bundelen en een forum biedt voor samenwerking tussen diagnostische centra.
Deze studie toont aan dat DunedinPACE, een epigenetische klok van de derde generatie, de meest consistente associatie vertoont met cognitieve achteruitgang bij ouderen, terwijl andere DNA-methylatieklokken en telomeerlengte minder betrouwbare voorspellers blijken.